本級艦的建造最初為1941年及1942年追加計畫的巡潛改１型，但因為伊４００型的建造計画縮小，海軍急需要能夠搭載攻撃型水上飛機的搭載型潜水艦因而急遽變更設計、成了可以搭載水上攻撃機２架的伊４００型的縮小版，用來彌補兵力不足。而作為計畫建造的巡潜甲型改１型裡的５隻中已經完成的只有伊１２一艘而已、於是其他未成之艦全都變更為巡潜甲型改２來建造。

　　到太平洋戦争末期已經竣工的伊１３及伊１４和伊４００型共同投入了以巴拿馬運河為攻撃目標的訓練任務中、後因戰局的變化伊４００型的攻擊任務變更為烏爾西環礁的美軍機動部隊、而伊１３型則投入往土魯克島的輸送任務。

　此次輸送作戰被賦予「光作戰」的代字、兩艦都搭載海軍高速偵察機「彩雲」從本土出港、之後伊１４按預定計畫於1945年８月４日抵達土魯克島、而伊１３卻失去行蹤，依舊下落不明。

　　姊妹艦伊１５及伊１（二代）兩艦因戰爭結束最後以未完工之姿保持到最後。

伊１３型潜水艦（巡潜甲型改２）的歴史 

伊１３

１９４３年　２月　４日 於川崎重工開工

　　　　　１１月３０日 下水

１９４４年１２月１６日 竣工

１９４５年　７月　５日 因光作戦從大湊出港往土魯克出撃。途中消息不明　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

　　　　　　８月　１日 亡失認定。
　　　　　　９月１５日　除籍

伊１４

１９４３年　５月１８日 於川崎重工開工

１９４４年　３月１４日 下水

１９４５年　３月１４日 竣工

　　　　　　７月中旬 因光作戰從大湊出港往土魯克島出撃

　　　　　　８月　４日 抵達土魯克島

　　　　　　８月１５日 在土魯克島迎接戰爭結束。因歸還本土從土魯克出
　　　　　　港

　　　　　　８月２７日 在東京灣口遭美軍擄獲

　　　　　　９月１５日 除籍。翌年５月２８日海没處分

伊１５（２代）  

１９４３年　４月３０日 於川崎重工動工

１９４４年　４月１２日 下水

１９４５年　８月１５日 完成約９成時戰爭結束

１９４６年　４月 紀伊水道海域海没處分

伊１（２代）

１９４３年　６月２４日 在川崎重工動工

１９４４年　６月１０日 下水

１９４５年　８月１５日 完成約７成方時戰爭結束

　　　　　　９月１８日 神戸海域繫留時、因颱風沈没

１９４７年　４月 打撈後、解體處分

By小步兵