從1960年代至今，日本海自 一直將兵力擴充重點擺在水面艦艇大型化、遠洋化、建立強大柴電潛艦部隊等方面，不斷將海自的活動範圍往藍水擴張；相形之下，海自對小型作戰艦艇上 便十分不起眼，數量也不多， 相較於南朝鮮、中國、台灣等周邊國家都擁有相當規模的砲艇/魚雷艇/飛彈快艇，可謂大異其趣。

更值得玩味的是，海自並未追隨1960~70年代許多國家大量建造飛彈快艇的風潮，仍繼續有系統地研發、建造魚雷艇。從1953到1975這20年間，日本總共透過自製或外購獲得七型共15艘魚雷艇。日本海自並未立刻追隨時尚發展飛彈快艇，除了對小型艦艇的相對不重視之外，在冷戰時代日本海上防禦構想中，便有意以若干魚雷艇充當最後一道海上防禦，平時擔任近海巡邏，當蘇聯兩棲登陸船團逼近日本本土時，魚雷艇便以日本近海的島嶼為依托，伺機突擊登陸船團；相較於飛彈快艇，魚雷艇價格低廉（尤其是與飛彈快艇相較），而533mm直航式反艦魚雷又能輕易重創大型艦艇，雖然其命中率與存活率偏低，如果能以重型魚雷解決幾艘大型登陸艦艇，仍算是相當划算。

不過，鑑於反艦魚雷艇只能在近距離展開攻擊，終將在現代化高強度空中威脅戰場中遭到淘汰，因此日本海自從1975年便開始研究飛彈快艇，但由於資源優先運用於建造大型艦艇、潛艦，飛彈快艇 ，一直到1986至1990年間執行的「61中期防衛力整備計畫」（1986至1990年）時，飛彈快艇才被正式納入日本海自的整建計畫中，並於1990年通過第一批兩艘新飛彈快艇的建造 預算。為了追求高速性能，日本選擇以義大利的劍魚級(Sparviero class)水翼飛彈快艇作為新飛彈快艇的藍本，在義大利原廠Fincantieri 的協助下於日本住友重工浦賀廠 建造。 

在61中期防的初始計畫裡，日本海自預計建造18艘此種新一代飛彈快艇，配備於面臨蘇聯與中國大陸的佐世保、舞鶴、大湊等三個地方隊(地方隊是日本海上自衛隊中負責防衛日本沿海地區的第二線兵力，有別於第一線主戰兵力「護衛艦隊」)，每隊配備6艘 ，其中4艘隨時可以值勤。平日這些飛彈快艇擔負近海巡防任務；在敵方兩棲登陸艦隊逼近日本海岸線時，這些飛彈快艇將利用機動性的優勢以及沿海地形如小島、海灣作為掩護，伺機突襲敵方兩棲艦隊的側翼，並利用資料鍊接收來自友軍的目標資料以進行超視距攻擊，打了就跑 ；此種模式基本上沿襲自先前海自運用魚雷艇的戰術，只不過將武器換成反艦飛彈，因此攻擊距離更長、反應更靈敏。

不過1990年代初期冷戰結束後，日本遭到蘇聯大規模兩棲登陸的機率急遽下降，因此新飛彈快艇的需求就不再那麼迫切，總需求量也被減半為9艘 ，三個地方隊各配備3艘，以保證狀況發生時三個地方隊能各出動兩艘；隨後，飛彈快艇的產量繼續刪減。在平成2年度（1990年），日本首先編列 前兩艘飛彈快艇；隨後在1990年代的03中期防（1991到1996年）中，一開始打算繼續增購四艘飛彈快艇， 但由於當時日本正出資支持多國聯軍從伊拉克手中收復科威特，因此預算編列暫緩；在1992年12月18日的安全保障會議之後，一號型後續艇的數量就刪減到2艘，最後在平成4年度（1992年）計畫中就只編列一艘， 因此新飛彈快艇產量就停在三艘。由於日本快艇僅被賦予編號(並非艇身側面的序號)而無正式艦名，因此三艘此種飛彈快艇就依序被稱為一號、二號、三號，而本級艇也因此被稱為一號型飛彈快艇。 

頭兩艘一號型艇在1993年進入日本海自服役，第三艘則在1995年成軍，三艇全部編入 北海道區域大湊地方隊 之下的余市防備隊，也就是海自先前集中部署魚雷艇的單位，防備鄰近前蘇聯的北海道區域；而在一號型飛彈快艇開始服役之後，最後一艘11號型魚雷艇也在1994年10月14日從余市防備隊除役。當時一艘一號型艇的建造費用約66億日圓。

一號型飛彈快艇艇艏的20mm旋轉機砲，採用與MK-15 CIWS相同的20mm六管砲身。

一號型的整體構型與尺寸都與母型──義大利的劍魚級類似，採用前三點式深浸分離式自動控制水翼設計，成為日本海自第一種採用全浸式水翼構型的小型作戰艦艇。 動力方面，一號型艇採用複合燃氣渦輪與柴油動力系統，包括一具美國通用動力(GD)授權日本石川島播磨生產的LM-500燃氣渦輪作為 高速主機，以及一具傳統排水航行使用的五十鈴6BD1TC柴油機（180馬力 / 2700 rpm），驅動一具荏原製作所的300CDW型水噴射推進系統 ；使用水翼時，一號型擁有46節的驚人極速；在排水狀態下，航速僅有8節。一號型的全浸式水翼由電腦中央系統控制，以隨時維持穩定並控制航向 ；在排水狀態下，艇首水翼向前上方折起，兩側水翼則向上倒折。

武裝方面，一號型的武裝比原本義大利劍魚級相對減輕；義大利劍魚級配備一座OTO 76mm快砲與兩枚奧圖瑪反艦飛彈，而一號型艇則配備一門穩定式的M61 20mm六管旋轉機砲系統（使用拆自航空自衛隊戰機的火砲）與兩組日本自製的雙聯裝SSM-1B反艦飛彈發射器， 此外擁有兩具自衛用的MK-36干擾火箭發射器；一號型艇的作戰中樞是OYQ-8海軍戰術情報系統，結合Link 11資料鏈。 電戰自衛裝備包括NOLR-9B電子截收裝置與兩套MK-36 SRBOC干擾彈發射器。

在實際操作中，日本海自發現一號型飛彈快艇有 許多相當嚴重的缺陷：首先是耐波力與適航性不夠 ，原本義大利海軍劍魚級係設計於平靜的地中海操作，而日本周遭海域在冬季的海象動輒高達10級以上，根本不適合全浸式水翼操作，遑論一號型的排水量僅有區區50噸； 如果在惡劣海象下以水翼航行時，發生艦體處水或水翼離水等情況，船身將陷入險境，如果不能及時恢復正常姿態，就有翻覆之虞。其次， 全浸式水翼構造過於複雜難以維修，且水翼與傳統排水兩種不同方式航行的特性差距太大 ，萬一水翼裝置因故無法操作，一號型就只能以區區130馬力的柴油機進行排水推進，此時航速只有8節，操作十分不便。

在1999年朝鮮間諜船入侵日本海域事件後，日本開始更著重臨海反滲透等中低強度近距離水面作戰任務，此時一號型便更顯得不適任：首先，一號型又小又薄的艇體嚴重限制其耐海能力與續航力，無法長時間追蹤敵方船隻，萬一遭敵方小型武器射擊，也缺乏足夠的防護能力；此外，突出於兩舷的水翼也不利於臨檢作時的接舷作業。因此日本海自終重新設計能滿足需求的快艇來裝備舞鶴與佐世保地方隊，繼而出現的就是隼級飛彈快艇。

隼級與一號型艇截然不同，採用傳統排水式艦體，尺寸大幅增加，標準排水量是一號型艇的四倍。隼級其中一項設計精神明顯與一號型不同：一號型的主要任務就是近海巡防或利用長程反艦飛彈在視距外阻絕敵艦，而隼級的設計則由於受到1999年 朝鮮間諜船隻 事件的影響，更注重多重任務能力、近距離與敵方船艦格鬥以及應付侵入領海的不明小型船隻，因此除了配備四枚反艦飛彈之外，火砲較一號型大幅強化。

 鑑於1999年 朝鮮間諜船事件，日本海自也在2000年度決定改良其中兩艘一號型飛彈艇，以強化近距離攻擊或驅離小型艦艇的能力。 在2008年6月6日，一號型艇的一號（PG-821）、二號艇（PG-822）除役，但海自並沒有立即增建飛彈快艇的計畫，而是將原本部署於舞鶴與佐世保地方隊的隼級各抽調一艘至大湊地方隊，以填補一號與二號艇的空缺。 在2010年6月25日，一號型最後殘存的三號艇也正式除役。